Экспозиция размещается в четырнадцати залах второго этажа здания бывших Присутственных мест в Новгородском Кремле. В ее состав входит более 260 памятников, большинство из которых выполнено в главных иконописных мастерских Новгорода – одного из древнейших и значительных центров древнерусской культуры. Положенный в основу экспонирования хронологический принцип позволяет проследить основные этапы развития ведущих направлений новгородской иконописи.
Среди признанных раритетов одна из первых подписных икон «Никола Липный» мастера Алексы Петрова, иконы «Борис и Глеб», «Покров», «Благовещение с Федором Тироном», шедевр византийского стиля двухметровая икона «Петр и Павел», «Битва новгородцев с суздальцами», праздники из церкви Успения на Волотовом поле и целые ряды высоких иконостасов XVI в. из Рождественского собора Антониева монастыря и церкви Петра и Павла в Кожевниках.