В марте 2006 года в университете появилось новое структурное подразделение — Приказом НовГУ от 31 марта 2006г. № 354 был создан и начал функционировать Физкультурно-спортивный комплекс Новгородского Государственного Университета имени Ярослава Мудрого (ФСК НовГУ).
Цель — создание благоприятных условий для успешной работы физкультурно-спортивных кафедр по физическому воспитанию обучающихся, подготовки квалифицированных преподавательских кадров и специалистов-организаторов физической культуры и спорта, привлечение значительного числа студентов, преподавателей и сотрудников Университета к активным занятиям по укреплению здоровья и повышению жизненного тонуса.